A STIKO véleménye alapján az oltásokat a lehető legkorábbi időpontban kell beadni, hogy lehetőség szerint minél több statisztikailag várható betegség által okozott szövődmény ellen védjenek. Az aktuális oltási javaslatok a könyv függelékében találhatók. A csecsemőkori szervezet különféle sajátosságai viszont felvetik a kérdést, hogy a kiváró, egyénre szabott előmenetel nem helyénvalóbb-e.

1.) Toxikológiai kételyek

Egy könnyen belátható érv, mely inkább egy későbbi oltási időpont mellett szól, az, hogy a csecsemők alacsony testsúlyuk miatt a potenciálisan mérgező adalékanyagokból nagyobb koncentrációt kapnak. Ez nagyon korán beoltott gyermekeknél, pl. olyan koraszülötteknél, akiket „terv” szerint oltottak be, súlyos heveny eseményeket válthat ki, mint pl. a légzés leállása (apnoe) vagy a szívfrekvencia lecsökkenése (bradykardia) (ld. Az „Apnoe” bekezdést az „Oltások mellékhatásai” c. fejezetben).

Egy hét kilogramm súlyú csecsemő esetén az alumínium koncentráció már egyszeri oltás után is abban a tartományban van, amelyben az idegsejtek genetikai programozására szignifikáns hatások lépnek fel. Emiatt az alumíniumot összefüggésbe hozták a gyakoribbá váló idegrendszeri zavarokkal, mint pl. az autizmussal vagy a hiperkinetikus szindrómával (Waly 2004). Az alumíniumtartalmú oltóanyagok idegrendszeri fejlődésre gyakorolt lehetséges kihatásaira irányuló hosszútávú vizsgálatokat eddig nem végeztek.

2.) Az immunrendszer éretlensége

Az újszülött első heteiben-hónapjaiban történő tömeges oltások ellen szóló másik érv az immunrendszer fejletlensége. Az anyától átadott immunglobulinok védelme alatt csak fokozatosan fejlődik ki a gyermek immunrendszere, és csak első életévének vége felé lesz teljesen érett (Hitzig) 1997, Prescott 1999). Ebben a fejlődési szakaszban mindenfajta beavatkozást jól meg kell fontolni, mivel a különböző szakaszokban zavarok léphetnek fel, és az egész későbbi életre negatív kihatással lehetnek.

Nagyon problematikus az – amit a „Természetes és mesterséges immunizálás” c. fejezetben részletesen ismertetek –, hogy antigének befecskendezése a testbe, a légző- és emésztőtraktus nyálkahártyáján keresztüli természetes útjának megkerelüsével, a gyermeki immunrendszer egyensúlyának felborulásához vezethet. A még meglévő, átadott anyai antitestek – pl. a tetanusz ellen – az első hónapokban még hatványozzák az ilyen hibás reakciókat (Holt 2003).

A jól kialakult egyensúly a kórokozók kivédése és a testazonos szövet tolerenaciája között könnyen megzavarható. Ennek következtében az egyik oldalon allergia vagy autoimmun megbetegedések alakulhatnak ki. Az, hogy bizonyos oltások bevezetésével egyidejűleg egyes megbetegedések  is gyakoribbá váltak, mint pl. a diabétesz vagy autizmus, ezt bizonyítják (ld. a kanyaróról és a Hib-ről szóló fejezetet).

A másik oldalon elméletileg lehetséges az immuntolerancia kialakulása is. Az immunrendszer ugyanis olyan testidegen anyagokat (antigéneket) tolerál (fogad el), amelyekkel bizonyos kisgyermekkori fejlődési szakaszban találkozott, és nem idegenként regisztrálja őket. Ilyen esetekben nincs védekezési reakció, aminek a későbbiek folyamán az a negatív következménye lehet, hogy a szervezet nem ismeri fel ezt vagy a hozzá hasonló antigéneket – olyan immungyengeség alakulhat ki, amely pl. daganatok kifejlődését segítheti elő (Quak 1999). Ezzel a témával kapcsolatosan nincsenek vizsgálatok, holott az oltásokra nem reagáló személyek további életének megfigyelése ezen kutatások érdekes kiindulópontjai lehetnének.

3.) Az idegrendszer éretlensége

Egy további érv a »minél koraibb« oltási időpont ellen a gyermekek idegrendszeri fejlődése. A kisgyermekkori idegrendszer nemcsak mennyiségileg, hanem minőségileg is különbözik a felnőttekétől. Az első években rohamosan fejlődnek ki a nagyagykéreg különböző rétegei, és minél korábban kapnak bizonyos hajlammal rendelkező gyermekek potenciális mérgeket és vírusokat, annál makacsabb fejlődési zavaroktól kell tartani (Landing 2002, Bradstreet 2004). A vér-agy-gát – a központi idegrendszer védőfala a méreganyagokkal és kórokozókkal szemben – az újszülötteknél még nagyon áteresztő, ami megkönnyíti az oltási adalékanyagok és oltási antigének behatolását (Uno 1997). Az idegeket majd csak ezt követően fokozatosan veszi körbe a védelmet nyújtó velőhüvely. Ez a folyamat a »mielinizálódás «, mely a szülés időpontjában indul meg az agytörzsben, a gyermekkor alatt folytatódva fokozatosan átitatja a magasabb agyi területeket is, és csak a tizedik életév után éri el az agykérget (Valerian 2000). Az olyan heveny oltási mellékhatások spektruma alapján, amelyek az idegrendszert érintik, megállapítható, hogy a korai csecsemőkorban komplexebb, nehezen megfogható zavarok alakulhatnak ki, mint pl. a személyiség megváltozása, tompultság, nyugtalanság, alvási zavarok, fejhangú sírás vagy »rövid ájulás«. Az idegrendszer növekvő érettségével a gyermek idősebb korában körülírtabb, úgymond »érettebb« oltási szövődmények lépnek fel, mint pl. az encephalitis vagy ideggyulladások.

A csecsemők és kisgyermekek éretlen idegrendszere az első időkben nagyon alkalmazkodóképes – emiatt az idült károsodások gyakran hosszú ideig rejtve maradnak. A legújabb kutatási eredmények azonban arra engednek következtetni, hogy az elölt (inaktivált) oltóanyagok adalékanyagtartalmuknál fogva, valamint az élő oltóanyagok, mint pl. a kanyaró elleni oltóanyag az arra hajlamos csecsemőknél és kisgyermekeknél olyan lappangó, diffúz fejlődési rendellenességeket idézhetnek elő, amelyeket majd csak a későbbi évek során lehet beazonosítani. Az autizmust, a tanulási nehézségeket, a figyelemzavart és a viselkedési zavarokat már évek óta és mostanában újra az oltások következményeként taglalják (Coulter 1990b, Bradstreet 2004, Waly 2004).